Mrówkojad Wielki jest gatunkiem endemicznym tzn., że występuje w określonym środowisku naturalnym. Uczeni szacują, że gatunek ten wykształcił się w kenozoiku i przetrwał w niezmienionej postaci aż do czasów dzisiejszych, głównie dzięki temu, że ewoluował (a właściwie zauważamy tutaj brak ewolucji) w środowisku izolowanym. Tym środowiskiem był Nowy Świat. Ulubionym siedliskiem mrówkojada są lasy liściaste i tropikalne dżungli amazońskiej (Kolumbia, Brazylia) oraz tereny sawannowe m.in. Boliwii i Paragwaju. Według niektórych badaczy (Fonseca) mrówkojad olbrzymi występuje w każdym biotopie Brazylii począwszy od otwartego pola po gęste lasy.

Obecność zwierząt na danym terytorium determinuje obfitość pożywienia, jakim są mrówki i termity. Mrówkojady są zwierzętami wędrownymi. W poszukiwaniu pożywienia przemieszczają się z miejsca na miejsce nie pozostając na jednym terytorium zbyt długo. Okres "sezonowego osadnictwa" kształtuje obfitość pożywienia. Jeśli jest ono duże, samce mrówkojadów żerują na obszarze ok. 3 km kwadratowych. Samice są już bardziej wymagające i potrzebują ok. 7 km kwadratowych. Z kolei inne późniejsze obserwacje na terenie Parku Narodowego Emas przeprowadzone przez Mirandę wykazały, że obszar siedliska mrówkojada waha się pomiędzy 10,7 a 16,1 km kwadratowych.

Ciekawe badania dotyczące gęstości występowania mrówkojadów w różnych biotopach przeprowadziła w latach 2002 do 2004 para naukowców (Arnaud Léonard Jean Desbiez i Isis Meri Medri). Celem ich aktywności było określenie gęstości występowania 2 gatunków: mrówkojada olbrzymiego oraz tamanduy południowego w centrum Pantanalu. Gęstość jest ważnym parametrem dotyczącym oszacowania wielkości populacji oraz monitorowania statusu populacji. Do dnia dzisiejszego istnieje ograniczona literatura naukowa na ten temat. Zagadnieniem tym zajmowało się dotychczas niewielu badaczy (Eisenberg, Shaw, Kreutz i Miranda).
Badanie miało miejsce w centrum Pantanalu na obszarze 200 km² i obejmowało 3 różne typy krajobrazowe:

• tereny zalewowe
• cerrado
• lasy

Mrówkojad Wielki oraz tamandua mają obniżoną temperaturę ciała. W związku z tym w celu zachowania stałej temperatury ciała podczas najgorętszych pór roku żerują zarówno w dzień, jak i w nocy. Obserwacja ta (Camilo-Alves and Mourao) przeczy dotychczasowym ustaleniom, jakoby mrówkojad wielki pożywiał się wyłącznie w dzień. Noce przesypia tam, gdzie go ona zaskoczy - w prowizorycznych schronieniach złożonych z wysokich traw, gęstych zarośli, kłód drzewnych lub płytkich norach, które sam sobie kopie lub adaptuje po innych zwierzętach.

Mrówkojady olbrzymie ze względu na swoją budowę ciała żerują głównie na ziemi, tamandua również szuka pożywienia na ziemi lecz ze względu na chwytny ogon może z powodzeniem zdobywać pożywienie w koronach drzew. Nadal trwają dyskusje dotyczące sposobów oszacowania liczby żyjących na wolności mrówkojadów każdego gatunku.

Obecnie mrówkojady można spotkać w pobliżu skupisk ludzkich zarówno na terenach wiejskich, jak i mocno zurbanizowanych. Ich naturalnymi wrogami są duże koty. Ludzie starają się je chronić, stąd mrówkojad od 1975 r. znalazł się na liście zwierząt chronionych Konwencji Waszyngtońskiej CITES (Convention International of Trade of Endangered Species), której sygnatariuszem jest Polska. Wiele mrówkojadów ginie jednak corocznie z rąk człowieka. Najczęściej są to nielegalne odstrzały w celach sportowych lub chęć zdobycia unikalnego futra. Problemem są także potrącenia biegnących mrówkojadów przez samochody na szlakach komunikacyjnych. Na terenach zamieszkanych przez mrówkojady nierzadko można spotkać specyficzne tablice ostrzegawcze. Środowisko naturalne mrówkojada ciągle się kurczy w znaczeniu terytorialnym. Powodem tego są migracje ludzi na nowe tereny i związane z nimi niszczące działania człowieka. Spadająca ciągle liczebność tego gatunku to bardzo ważny problem dla wszystkich "zielonych" organizacji. Coraz liczniejsza sieć dróg przecinająca dziewicze lasy tropikalne w sposób naturalny dzieli na części terytoria mrówkojada wielkiego, które wynoszą nawet 25 ha. Również mrówkojady nadrzewne zmuszone są w poszukiwaniu żywności do pokonania fragmentów dróg drogą lądową. Tam coraz częściej znajdują śmierć pod kołami samochodów. Problemem są także wycinki małych i dużych fragmentów lasów, zarówno zdrowych w celach przemysłowych, jak i chorego drzewostanu. W tym drugim przypadku w sposób naturalny ogranicza się populację głównego składnika pokarmowego mrówkojada - termitów i mrówek.