Na dzień dzisiejszy istnieją trzy podstawowe kierunki ochrony mrówkojada, których wprowadzaniem w życie zajęła się m.in. organizacja Ceiba Foundation for Tropical Conservation.

Pierwszy to ograniczenie nielegalnych odstrzałów mrówkojada. Wydaje się to najprostszym zadaniem poprzez uświadomienie miejscowej ludności o pokojowym usposobieniu tego gatunku, w przeciwieństwie do chronionych dużych kotów, gdzie strach przed nimi w głównej mierze decyduje o chęci pozbycia się groźnego drapieżnika.
Drugi kierunek to próby ochrony kolonii termitów i mrówek, które stanowią podstawową dietę mrówkojada.
Ostatni sposób polega na ograniczeniu ingerencji człowieka w środowisko naturalne.

Nie sposób w dobie postępu dzisiejszej cywilizacji zaniechać w całości działań człowieka wynikających z rozwoju gospodarki krajów, na terenie których znajdują się siedliska mrówkojada. Można jednak wpłynąć na sposób ich realizacji. Jednym z pomysłów wprowadzonych już testowo w życie w Belize jest stworzenie "zielonych pomostów" łączących dwie, przecięte drogą części dźungli. Na wzór wiaduktów budowanych specjalnie z myślą o zwierzętach nad autostradami na terenach zadrzewionych, można zbudować w dżungli "zielone wiadukty". W tym celu w trakcie budowy drogi pozostawia się fragmenty lasu łączące się ze sobą ponad drogą tworząc naturalny tunel. Pomost taki będą w przyszłości wykorzystywać wszystkie nadrzewne zwierzęta migrujące w poszukiwaniu żywności. Pomysł dotyczy nie tylko ochrony nadrzewnych mrówkojadów, ale także małp, leniwców i pozostałych gatunków rzadko opuszczających drzewa.
Przeprowadzone badania z użyciem kamer na podczerwień wykazały słuszność tego założenia dokumentując wykorzystywanie takiej drogi przez zwierzęta. Niestety w konfrontacji pomiędzy mrówkojadem i człowiekiem w ostatnich latach najczęściej wygrywa człowiek.

Leandro Silveira z "Projekt Onca Pintada" przytacza dowody na zwiększenie kłusownictwa w strefach tranzytowych między "Cerrado" i "Caatinga". W obszarach przygranicznych Caatinga np. w Serra Confusoes w stanie Piaui mrówkojad wielki praktycznie zniknął. Jeśli ktoś zauważy nowego osobnika, informacja o tym rozprzestrzenia się bardzo szybko po okolicy. Jeszcze szybciej reagują kłusownicy. Spośród głównych powodowów takiego zainteresowania się kłusowników tym zwierzęciem jest m.in. mięso, które w przypadku innych zwierząt jest atrakcyjne kulinarnie i zawiera dużo białka. Mrówkojady są powolne, duże, łatwo je zlokalizować po wyraźnym śladzie pozostawionym po sobie. Dodatkowo w celu ich wyśledzenia nie potrzeba używać psów. Wszystko to powoduje, że mrówkojady stanowią łatwy cel. Kłusownicy nie muszą używać broni palnej. Wystarczy nóż chociaż potwierdzono już co najmniej kilka przypadków "udanego" ataku na człowieka. Jeśli ktoś zostanie przyłapany w Parku Narodowym z bronią i psem - wiadomo, że kłusuje ale bez psa i broni tłumaczy się najzwyczajniej, że się zgubił.
Z uwagi na fakt, że jest to zwierzę z niskim wskaźnikiem urodzeń (jedno młode uzależnione od matki przez ok. 2 lat) - naturalne odzyskiwanie ich populacji przegrywa walkę z kłusownikami. Pod koniec 2012 r. mrówkojad wielki znajdował się na drugim miejscu najchętniej odławianych nielegalnie zwierząt w Pantanalu zaraz po dzikiej świni pekari, a przed jego największym naturalnym wrogiem nie licząc człowieka - jaguarem.

Inną słabością mrówkojada wielkiego jest jego podatność na ogień. Chociaż dzięki swoim potężnym pazurom może się wdrapywać na drzewa lub kopce termitów, to gdy jest nagle zaskoczony przez pożar - szybko traci orientację od dymu. Zwierzę nie kopie nory jak pancerniki. Ponieważ jego futro płonie łatwo - sytuacja staje się jeszcze bardziej dramatyczna. Podobnie jak leniwce, mrówkojady mają niski metabolizm i niską temperaturę ciała - wyjaśnia badacz z Uniwersytetu Federalnego Minas Gerais (UFMG). Jak sugerują niektórzy badacze tak niski metabolizm ułatwia trawienie substancji toksycznych ale na pewno utrudnia szybki bieg. W 1994 roku pożar zniszczył 97% "Parque Nacional Emas" w Goiás. Po przeprowadzonej później smutnej inwentaryzacji zarejestrowano 332 spalone w ogniu mrówkojady!

Problem powtarza się na drogach. Nie prowadzi sie oficjalnej statystyki na temat liczby zabitych przez kierowców zwierząt, jednak w miejscowych mediach komunikaty o incydentach drogowych z udziałem mrówkojada nie są rzadkością. Powolny mrówkojad ma niewielkie szanse w starciu z samochodem osobowym lub ciężarowym prowadzonym nieczęsto przez sadystycznie usposobionego kierowcę umyślnie maltretującego bezbronne w tym przypadku zwierzę. Z problemem zmierzyli się badacze z ICAS - Instituto de Conservaçao de Animais Silvestres. Badania prowadzono w cerrado w brazylijskiej prowincji Mato Grosso do Sul w okresie od 2017 do 2013 r.
Przytoczone poniżej dane pochodzą ze strony https://www.icasconservation.org.br/. Badanie obejmowało zbadanie, w jaki sposób drogi wpływają na trwałość populacji mrówkojadów wielkich, czy działają jako bariera przepływu genów i zmniejszają zagęszczenie tego gatunku.

W 1996 roku po raz pierwszy sklasyfikowano wszystkie gatunki mrówkojada pod kątem stopnia zagrożenia, określono źródła zagrożenia i przypisano do grup zagrożenia w Czerwonej księdze. Ostatnia weryfikacja miała miejsce w 2010 r. 3 gatunki zostały uznane jako nie narażone na wyginięcie (LC). Po raz pierwszy (ze względu na brak dotychczasowych danych) sklasyfikowano mrówkojadka północno-wschodniego nabrzeża Brazylii. Na podstawie obserwacji utraty siedlisk, wnioskuje się, że wszystkie populacje maleją. Najgorszy trend ma miejsce w przypadku mrówkojada olbrzymiego, który ze względu na zmniejszenie populacji o blisko 30% powrócił do kategorii VU - narażony na wyginięcie. Zmiany poziomu zagrożeń na przestrzeni ostatnich lat oraz trend populacji pokazuje poniższa tabela.